زمینه و هدف: ذخیره ی انجماد سریع(Cryopreservation) اسپرم تکنیکی رایج برای افرادی که در رابطه با مسئله ی ناباروری رنج می برند را برطرف نموده است. ولی این روش می تواند اثرات مخرب بر کیفیت دئوکسی ریبونوکلئیک اسید، ) (DNA و کروماتین که معادل مرگ هسته و سلولی اسپرم دارد می باشد. ارزیابی مارکرهای مختلف سلامت ماده ی ژنتیکی اسپرم عوامل موثر در جهت تشخیص قدرت باروری اسپرم، در درمان بیماران ناباروری است. در این مطالعه، ارزش تشخیصی و بررسی احتمالی تاثیر تراکم کروماتین بر تمامیت DNA در ارزیابی اسپرم انجماد و ذوب شده در مردان نورموزواسپرم قرار گرفته است. روش بررسی: در این مطالعه ی تجربی، 30 نمونه مایع منی مردان نورموزواسپرم به مدت دو هفته با تکنیک رایج در اکثر مراکز باروری ناباروری در دمای 196-درجه ی سانتی گراد انجماد سریع و سپس ذوب شدند. نمونه ها قبل و بعد از انجماد سریع از لحاظ تراکم غیر طبیعی کروماتین، دناتوراسیون DNA و فراگمانتااسیون DNA به ترتیب با رنگ آمیزی Toluidine blue (TB)، رنگ آمیزی Acridine Orange (AO) و تستSperm Chromatin Dispersion (SCD) ارزیابی شدند. یافته ها: قبل از انجماد سریع تنها بین تراکم غیر طبیعی کروماتین ارزیابی شده توسط TB و دناتوراسیون DNA بررسی شده توسطAO ارتباط وجود داشت (0. 05> p). در حالی که بعد از انجماد سریع بین تراکم غیر طبیعی کروماتین، دناتوراسیون DNA و فرگمانتاسیون DNA همبستگی دیده شد (0. 05> p). نتیجه گیری: تراکم غیر طبیعی کروماتین می تواند DNA را مستعد دناتوراسیون و فراگمانتاسیون کند.

هدف: در بیشتر کشورهای پیشرفته جهان بانک های بافتی، اسید دئوکسی ریبونوکلئیک و اسید ریبونوکلئیک برای بررسی های ژنتیکی در انواع اختلال های پزشکی ساخته شده تا با تصویب پروژه ای پژوهشی نمونه ها به پژوهشگران واگذار گردد و از هدر رفتن وقت و هزینه برای آماده سازی هر پروژه جلوگیری شود. در این بانک ها بیماران بر پایه معیارهای تشخیصی بین المللی به دقت ارزیابی می شوند. از این رو جمع بندی یافته ها از توافق پذیری بالاتری نسبت به پژوهش های پراکنده برخوردار بوده و امکان انجام بررسی های فراتحلیل بر روی یافته های به دست آمده در آزمایش های گوناگون فراهم می شود.روش: برای ساخت چنین بانکی برای اختلال های روانپزشکی در جامعه ایرانی، پس از روشن سازی هدف ها و گرفتن رضایت نامه از بیماران و انجام مصاحبه بالینی ساختاریافته برای اختلال های محور یک  DSM-IV(SCID-I)، 300 نمونه بزاقی به کمک کیت اوراژن اسید دئوکسی ریبونوکلئیک گردآوری شده و داده های جمعیت شناختی، سابقه خانوادگی، زمان شروع و طول بیماری، داروهای مصرفی و مانند آنها در پرونده بیماران ثبت گردید و امکان ارتباط با آنها برای تکمیل اطلاعات و بررسی سیر بیماری فراهم شد.یافته ها: بانک نمونه بزاقی برای استخراج اسید دئوکسی ریبونوکلئیک از 300 بیمار روانپزشکی شامل اختلال دوقطبی، اسکیزوفرنیا، اختلال افسردگی اساسی، اختلال وسواسی - اجباری و اختلال بیش فعالی با کمبود توجه از میان بیماران بیمارستان های روانپزشکی، همچنین سی تن از بستگان درجه اول بیماران دچار اختلال دوقطبی و اسکیزوفرنیا و 100 نفر به عنوان گروه گواه که با دو گروه پیشین همتاسازی شده بودند گردآوری شد.نتیجه گیری: امکان اهداء نمونه های اسید دئوکسی ریبونوکلئیک برای بررسی های ملی یا بین المللی فراهم شده است.

سابقه و هدف: با افزایش تمایل مصرف کنندگان مسلمان و غیرمسلمان در سال های اخیر به تهیه محصولات با برچسب حلال، بازار جهانی حلال گسترش یافته است. در واقع اسلام فقط یک دین نیست بلکه روشی است برای زندگی، که حتی در آن غذا خوردن هم دارای احکام ویژه ای بوده است به گونه ای که قرآن کتاب آسمانی مسلمانان در آیات بسیاری به تشریح این مفهوم پرداخته و به طور خاص، 41 آیه از قرآن به غذا و نوشیدنی های حلال مربوط می باشد. ژلاتین یکی از محصولاتی است که به دلیل شرایط تولید و نگرانی از حضور مشتقاتی بر پایه خوک، سبب نگرانی هایی برای مصرف مسلمانان شده است. به همین منظور بررسی منشأ محصولاتی که با برچسب حلال روانه بازار می شوند امری ضروری می باشد. ژلاتین به عنوان یک منبع غذایی GRAS، از کلمه لاتین Gelatus، به معنای سفت یا منجمد گرفته شده و کاربرد آن از حدود سال 1700 میلادی متداول شده است. این ماده جامد، نیمه شفاف، بی رنگ یا زرد کم رنگ، ترد و شکننده و بی مزه و یکی از پرمصرفترین مواد پروتئینی کلوئیدی در صنایع غذایی و دارویی، صنعتی و پزشکی به شمار می رود. همچنین این ماده دارای وزن مولکولی بالایی است که نه تنها در آب بلکه در گلیسرول و پروپیلن گلایکول نیز محلول می باشد. نتایج: روش های مختلفی برای شناسایی منشأ ژلاتین تولیدی بیان شده است که بیشتر آنها بر مبنای شناسایی پروتئین و DNA استوار هستند. روش های مبتنی بر پروتئین شامل، تکنیک های ایمونولوژیکی مانند الایزا (ELIZA) و روش های کروماتوگرافی، طیف سنجی تبدیل فوریه (FTIR) رسوب شیمیایی و روش های مبتنی بر شناخت DNA شامل PCR مبتنی بر پرایمر های اختصاصی-گونه ای، Real-Time PCR، RFLP-PCR و PCR-Southern hybridization on chip است. نتیجه گیری: با بررسی ترکیب مهم ژلاتین، و با معرفی روش های مهم آزمایشگاهی شناسایی منشأ ژلاتین به بیان توضیحاتی در مورد روش های فوق، با تکیه بر رویکرد های بیوتکنولوژی مدرن در آنالیز ژلاتین، بپردازیم.

بار، ممان دوقطبی و مقادیر ویژه ممان چهارقطبی بعنوان خواص فیزیکوشیمیایی برای پیشگویی عملکرد اتصال پروتئینها به ریبونوکلئیک اسید در این تحقیق مورد استفاده قرار گرفتند. از روش ساده و کارآی لوژستیک رگرسیون برای انجام عمل پیشگویی استفاده شد. در معادله لوجیت حاصل، پارامتر بار بیشترین ضریب (19.19) و بیشترین تاثیر را در پیشگویی داشت و بعد از آن پارامتر ممان دوقطبی اهمیت داشت. روش لوژستیک رگرسیون به صورت Jackknife بر روی 2601 پروتئین (160 پروتئین متصل شونده به ریبونوکلئیک اسید و 2441 پروتئین غیر متصل شونده به ریبونوکلئیک اسید) آموزش داده شد. مقدار پارامتر ارزیابی مساحت زیر منحنیROC (AUC) مدل نهایی، 83 درصد به دست آمد که در قیاس با روش شبکه عصبی به کار رفته برای پیشگویی خیلی بیشتر می باشد. مقادیر پارامترهای دقت، صحت و معیار F نیز به ترتیب 94، 59 و 46 درصد به دست آمدند که همگی بیشتر از مقادیر حاصل از روش شبکه عصبی می باشند. در نتیجه، در این تحقیق نشان داده شد که به کمک روش ساده، سریع و دقیق لوژستیک رگرسیون، پروتئینهای متصل شونده به ریبونوکلئیک اسید می توانند به خوبی از پروتئینهای غیر متصل شونده به ریبونوکلئیک اسید (به کمک تعداد اندک خواص پیشگوی فیزیکوشیمیایی) متمایز شوند.

با توجه به اهمیت لیگاندهای زیست فعال در طراحی و ساخت ترکیبات با ویژگی ضدتوموری، کمپلکس تک هسته ای C^C- سیکلومتاله پالادیوم (II) فسفر ایلید حاوی آمینواسید تیروزین سنتز شد و با استفاده از روش های طیف سنجی مادون قرمز (FT-IR) و رزونانس مغناطیسی هسته (NMR) مورد شناسایی قرارگرفت. برهمکنش کمپلکس تک هسته ای سنتز شده با ماکرومولکول های حیاتی دئوکسی ریبونوکلئیک اسید (DNA) و سرم آلبومین گاوی (BSA)، بوسیله تکنیک های تجربی طیف سنجی جذب مرئی- فرابنفش (UV-Vis) و طیف سنجی نشر فلوئورسانس مورد مطالعه قرار گرفت. مطالعات تجربی نشان دهنده برهمکنش از نوع اینترکلیشن میان کمپلکس و DNA است. نتایج حاصل از روش های طیف سنجی جذب مرئی- فرابنفش و نشر فلوئورسانس نشان دهنده برهمکنش قابل توجه میان کمپلکس و پروتئین BSA است. همچنین، طبق نتایج حاصل از محاسبات داکینگ مولکولی، کمپلکس به جایگاه های آب گریز پروتئین BSA اتصال یافته است.

هدف: فاکتور محرکه کلنی گرانولوسیت انسانی یکی از فاکتورهای رشد خونساز است که تکثیر و تمایز سلولهای پیش ساز گرانولوسیت نوتروفیلی سلولهای مغز استخوان را تحریک می کند. این فاکتور همچنین تمایز نهایی بعضی از سلولهای لوسمی میلوییدی را القا می کند. hG-CSF در منوسیتها و ماکروفاژهای انسانی در پاسخ به آندوتوکسین باکتریایی و همچنین رده های سلولی انسانی نظیر کارسینومای حفره دهانی CHU-2  و کارسینومای مثانه 5637 تولید می شود. هدف این پژوهش، استخراج RNA  کل از سلولهای تحریک شده منوسیت انسانی، سنتز cDNA دو رشته ای hG-CSF و در نهایت کلون کردن cDNA سنتز شده در یک ناقل کلونینگ مناسب بود.مواد و روشها: در ابتدا، سلولهای منوسیت از خون محیطی فرد طبیعی جداسازی شد. این سلولها کشت داده شد و به طور همزمان به وسیله محرکهای لیپوپلی ساکارید باکتریایی (LPS) و اینترفرون گامای انسانی (hIFN-γ) تحریک شد. RNA کل، از سلولها استخراج شد و به دنبال آن هر دو cDNA دارای ترادف راهنما (کد کننده پروتئین اولیه) و فاقد ترادف راهنما (کد کننده پروتئین بالغ) با استفاده از پرایمرهای اختصاصی و بر اساس روش RT-PCR سنتز شد. همچنین هر دو cDNA مذکور به طور همزمان از RNA کل استخراج شده از سلولهای کارسینومای مثانه انسانی 5637 سنتز شد. در مرحله بعد هر دو cDNA با استفاده از آنزیم محدودگر StyI که بر روی ژل الکتروفورز تشکیل سه قطعه مجزا می دهد، مورد تایید قرار گرفت، سپس cDNA دارای ترادف راهنمای مشتق از منوسیتها درون ناقل کلونینگ pBluescriptIISK داخل و در باکتری اشریشیاکلی (سویه TOP10F') کلون شد.نتایج و بحث: به دنبال غربالگری، کلنیهای صحیح انتخاب شد و ناقل نوترکیب از باکتریهای تراریخته، استخراج و با استفاده از آنزیمهای محدودگر BamHI, EcoRI, StyI, NcoI تایید شد. برای تایید نهایی، ناقل نوترکیب صحیح انتخاب و قطعه کلون شده، تعیین توالی شد. بعد از تایید ترادف نوکلئوتیدی قطعه کلون شده؛ با استفاده از پرایمرهای اختصاصی، ناقل نوترکیب به عنوان الگو و با کمک PCR، cDNA فاقد ترادف راهنما سنتز و در ناقل کلونینگ داخل و در باکتری TOP10F' کلون شد. در نهایت کلون صحیح انتخاب شد و با استفاده از آنزیمهای محدودگر مورد تایید قرار گرفت.

سابقه و هدف: تحقیقات زیادی شواهد قطعی از وجود موارد مثبت دئوکسی نوکلئوتیدیل ترانسفراز انتهایی در برخی زیر گروه های لوسمی میلوئیدی حاد را نشان داده اند. تقریبا در نیمی از تحقیقات، بروز TdT با پیش آگهی ضعیف مرتبط بوده است. میزان بروز موارد مثبت TdT در این بیماران متفاوت است. این مطالعه برای تعیین میزان بروز TdT در بیماران AML در جامعه ما و میزان مثبت بودن آن در زیر گروه های مورفولوژیک و گروه های مختلف سن و جنس انجام گرفت.مواد و روش ها: مطالعه انجام شده از نوع توصیفی ـ تحلیلی بود. در این مطالعه تعداد 101 بیمار AML که به مرکز هماتولوژی و انکولوژی دانشگاه علوم پزشکی تبریز مراجعه نموده بودند، به روش نمونه گیری در دسترس، انتخاب شدند و اطلاعات مربوط به زیر گروه FAB، جنس، سن و فلوسیتومتری با استفاده از نرم افزار 11 SPSS و آزمون آماری کای دو تجزیه و تحلیل شدند.یافته ها: سلول های TdT مثبت در 24 بیمار (23.7%، CI%95=15.46-32.06) یافت شد. دو سوم این بیماران مرد بودند. میانه سنی این بیماران 10 سال کمتر از بیماران TdT منفی بود (30 در مقابل 40 سال). از بین این 24 بیمار، 9 بیمار سن کمتر از 20 سال داشتند. مثبت بودن TdT با FAB M2 ارتباط داشت. 39% بیماران M2 TdT, مثبت بودند (در مقابل 3/15% بیماران سایر زیر گروه های FAB) (P=0.004).نتیجه گیری: بروز TdT در AML با سن ارتباط داشته و در سنین کمتر از 20 سال شایع تر است. علی رغم این که بروز آن در زیر گروه های M1 و M2 شایع تر است، در سایر زیر گروه های AML نیز می تواند بروز نماید.

دئوکسی ریبوزیم محدود کننده وابسته به کوفاکتور مس از منحصر به فرد ترین دئوکسی ریبوزیمهای شناخته شده میباشد. ویژگی این آنزیم برش اختصاصی تک رشته DNA و تشکیل ساختار DNA سه رشته است که برای شناسایی سوبسترا ضروری میباشد. روش معمول برای سنجش فعالیت دئوکسی ریبوزیمها (با سوبسترای اسیدنوکلئیکی) بر پایه استفاده از سوبستراهای نشاندار رادیواکتیو میباشد که دارای پیچیدگیها و مشکلاتی است. در مطالعه حاضر، با استفاده از طیف سنجی فلورسانس خارجی و جذب فرابنفش، روشهایی دقیق، سریع و ارزان برای مطالعه فعالیت آنزیم ارائه شده است. با توجه به اهمیت کلیدی ساختار این آنزیم در شناسایی و اتصال به سوبسترا با تشکیل ساختار سه رشته ای DNA، برای مطالعه ساختاری آنزیم از روش طیف سنجی دو رنگ نمایی دورانی استفاده شد. طیفهای به دست آمده از این روش نشان دهنده تغییرات ساختاری و شاهدی بر تشکیل DNA سه رشته در کمپلکس آنزیم-سوبسترا است. نشانگر سایبرگولد دارای تمایل بالای اتصال به DNA دو رشته در مقایسه با DNA تک رشته است. از تغییرات نشر فلورسانس سایبرگولد بعد از افزودن کوفاکتور به کمپلکس آنزیم-سوبسترا میتوان میزان فعالیت آنزیم را سنجید. در روش سنجش پررنگ شدگی پیوسته که بر پایه طیف سنجی فرابنفش است از پررنگ شدگی ایجاد شده پس از افزودن کوفاکتور به کمپلکس آنزیم-سوبسترا برای اندازه گیری فعالیت آنزیم استفاده شده است. نتایج نشان دهنده دقت بالای روش سنجش پررنگ شدگی نسبت به طیف سنجی فلورسانس خارجی است، به این دلیل که روش سنجش پررنگ شدگی بر پایه استفاده از ویژگیهای فیزیکوشیمیایی DNA و بدون دخالت عوامل خارجی می باشد.